U vrijeme izbijanja SARS-a 2003. godine, na objavljivanje genoma tog virusa čekalo se više od 2 mjeseca. Nakon što je u siječnju u Kini identificiran novi virus (SARS-CoV-2), znanstvenici širom svijeta počeli su analizirati podatke o virusu i cjelokupna njegova genetska struktura (genom) objavljena je u roku od nekoliko dana https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30251-8/fulltext.
Digitalni uređaji za sekvencioniranje gena su se napretkom tehnologije razvili na način da danas stanu u dlan ruke i da su značajno sniženi troškovi sekvenciranja gena. Posljedica toga je olakšano sekvenciranje uzoraka širom svijeta. Iz dobivene sekvence može se vidjeti kako se virus širi, kojom brzinom se širi i može se procijeniti broj zaraženih. Genome Detective, jedan od sofisticiranijih alata za genetske analize, može uzimati sirove podatke iz stroja za sekvenciranje , filtrirati rezultate, sastaviti genom i koristiti ga za identifikaciju virusa. Na ovaj način potvrđen je i ovaj aktualni koronavirus povezan sa SARS-om.
Razvoj tehnologije omogućio nam je i NextStrain, https://nextstrain.org/, internetsku bazu koja koristi podatke u stvarnom vremenu o genomu za praćenje evolucije organizama koji uzrokuju bolest. Ovaj alat omogućio je praćenje nekoliko epidemija, uključujući Zika, Ebolu i Dengu, a čak je korišten i za informiranje o politici Svjetske zdravstvene organizacije o sezonskoj gripi. NextStrain već ima preko 700 genoma novog korona virusa pomoću kojih može pratiti pandemiju otkrivanjem novih mutacija virusa. Mutacije ne moraju nužno utjecati na ponašanje virusa, ali mogu djelovati kao genetski potpis za povezivanje povezanih slučajeva.
Znanstvenicima je od sekvenciranja gena virusa mnogo teže utvrditi proteine u virusu koji su odgovorni za njegovo prenošenje s čovjeka na čovjeka. U slučaju COVID – 19, znanstvenici u Njemačkoj nastoje otkriti njegovu proteinsku strukturu kroz program SPOCkS MS, https://cordis.europa.eu/project/id/759661.
Srce (Sveučilišni računalni centar) je otvorio mogućnost korištenja njihovih superračunala i pohrane za potrebe modeliranja, simuliranja ili obrade podataka za sve istraživače i znanstvenike koji sudjeluju u istraživačkom radu koji se bavi suzbijanjem pandemije COVID-19. Srce ima računalni klaster Isabella s 3.100 procesorskih jezgri za proizvoljne zahtjevne izračune i 12 grafičkih procesora NVIDIA V100 pogodnih za algoritme iz područja umjetne inteligencije. Stručnjaci Srca također mogu pružiti podršku u instalaciji i podešavanju znanstvenih aplikacija potrebnih za istraživanje.https://www.srce.unizg.hr/vijesti/istrazivanja-protiv-covid-19-na-infrastrukturama-srca-za-napredno-racunanje/objav2020-03-23
Želiš pomoći? Folding@home, https://foldingathome.org/ , neprofitni je projekt nastao na kemijskom odjelu sveučilišta Stanford koji se koristi se “posuđenim” procesorskim vremenom koje mu doniraju volonteri diljem svijeta i bavi se proučavanjem i simuliranjem rada proteina. Ranije smo spomenuli kako su upravo ti proteini ključni za širenje odnosno sprječavanje širenja zaraze virusima. Sastavljeni su od aminokiselina, dugih nizova molekula koje se ponekad sklapaju (fold) u funkcionalne strukture. Ti procesi događaju se na razini atoma i molekula i prilično ih je zahtjevno proučavati. Folding@home se zato koristi velikom mrežom volontera i njihovih računala kako bi simulirao ponašanje atoma u procesu sklapanja, odnosno „foldanja“. Cilj simulacije jest utvrditi kako koronavirus SARS-CoV-2 i njegovi proteini dolaze u interakciju s receptorom ACE2 na ljudskim stanicama te posljedično aktiviraju mehanizam ulaska virusa u stanice. Poznavanje detalja ovog procesa istraživačima bi trebalo pomoći u izradi novih antitijela, odnosno molekula koje bi taj proces bile u stanju presresti i zaustaviti.
Svi vi koji imate i želite posuditi svoje računalne snage možete skinuti Folding@home software https://foldingathome.org/start-folding/ i pomoći.
Još jednom vas pozivamo da pazite na sebe i druge, da se informirate na pravim mjestima i da ostanete zdravi!
